Hvorvidt kobberkapillarrør er tilbøjelige til at tilstoppe afhænger af flere faktorer. Strukturelt har kobberkapillarrør en mindre diameter, hvilket gør dem mere modtagelige for tilstopning end rør med almindelig diameter. Hvis der kommer større partikler af urenheder ind i røret, kan der let opstå tilstopning. Driftsmiljøet har også betydelig indflydelse på tilstopning. I støvede miljøer med højt indhold af urenheder er der større sandsynlighed for, at kobberkapillarrør trækker urenheder ind, hvilket fører til blokeringer. For eksempel kan luften i industriværksteder være fyldt med forskellige støvpartikler, som kan forårsage blokeringer, når de kommer ind i kapillæren. Det flydende mediums egenskaber er også afgørende. Hvis væsken indeholder en stor mængde suspenderede faste stoffer, sedimenter eller tyktflydende stoffer, vil disse stoffer gradvist aflejres på den indre væg af kapillæren over tid, hvilket til sidst forårsager blokering. Men at tage effektive beskyttelsesforanstaltninger under brug, såsom installation af filtre og for-forbehandling af væsken, kan i høj grad reducere sandsynligheden for tilstopning. Regelmæssig rengøring og vedligeholdelse af kobberkapillarrøret kan også fjerne eventuelle urenheder, der kan være til stede indeni, og holde det uhindret. Derfor, selvom kobberkapillarrør er i risiko for tilstopning, kan korrekt beskyttelse og vedligeholdelse effektivt reducere forekomsten af tilstopning.

